A tecnologia propõe um processo para produção de alfa-galactosidase recombinante, utilizando-se ao menos uma sequência nucleotídica otimizada para expressão em leveduras, preferencialmente Pichia pastoris, gerando a proteína recombinante. Porpõe também composições enzimáticas contendo as proteínas recombinantes e seus usos na hidrólise de ligações terminais α-1,6-galactosil em moléculas que as contenham, a exemplo de oligossacarídeos de rafinose presentes em produtos derivados de soja ou outras leguminosas, a exemplo de rações animais e bebidas à base de soja.