O que é?
O PanViTa é um script Python projetado para a análise de sequências genômicas, com foco na identificação de genes de resistência a antibióticos e fatores de virulência. Ele automatiza a verificação e instalação de dependências de software como DIAMOND e BLAST, além de fazer o download e a indexação de diversas bases de dados biológicas essenciais, como BacMet, VFDB, CARD e MEGARes. O script também é capaz de baixar arquivos GenBank e FASTA diretamente do NCBI, extrair informações de sequências proteicas e posições de genes, e usar programas como PROKKA para anotação genômica. Em resumo, o PanViTa é uma ferramenta completa que gerencia as dependências e o fluxo de trabalho para a análise genômica, facilitando a identificação de genes relacionados à virulência e resistência em genomas bacterianos.
Inventores
Victor Silveira Caricatte, Diego Lucas Neres Rodrigues, Flávia Figueira Aburjaile
Estágio de Desenvolvimento
Desenvolvimento concluído.
Vantagens
Velocidade de análise, aberto a extensões (Capaz de realizar outras funções dentro do programa, assim como adições personalizáveis de bancos, arquivos genômicos, ou funções e totalmente flexível e personalizável), automatização do fluxo de trabalho completo, geração de visualizações ricas e automatizadas, organização e reprodutibilidade.
Propriedade Intelectual
Número de Registro: PC202500261
